Villas-Boas körde in i en sanddyn i Peru på San Juan de Marcona-etappen under tisdagen och fick ryggskador.
– Andre har förts till sjukhus med en ryggskada. Det var oturligt för Andre som gjort en bra debut i Dakar, säger Toyotas stallchef Jean-Marc Fortin enligt Goal.com.
Låg 43:a när han bröt loppet
Portugisen låg på 43:e plats i bilklassen när kraschen inträffade och han tvingades bryta loppet.
Han slutade som tränare i Shanghai nyligen. Villas-Boas är en stor motorentusiast och hade först tänkt att delta i motorcykelklassen men blev övertalad att köra i bilklassen.
En släkting till Villas-Boas deltog i Dakar-rallyt 1982, skriver The Guardian.