Mikkelsen var tänkt att ingå bland teamets tre chaufförer i Rally de Portugal, årets sjunde deltävling, men ersätts nu av Loeb som var trea senast i Chile. Det var fransmannens första pallplats i sitt nya team.
Hyundai leder märkes-VM 29 poäng före fjolårsmästarna Toyota efter sex deltävlingar.
– Det har var inget lätt beslut. Men vi måste blicka framåt och matcha vår starka föraruppsättning på bästa sätt. Sebastien Loeb och Daniel Elena hade en stark tävling i Chile och har hittat en hittat en bra känsla i bilen på grus, säger teamchef Andrea Adamo i ett pressmeddelande.
Adamo utvecklar valet att peta Mikkelsen.
– Vi jobbar hårt för att hjälpa Andreas hitta självförtroendet igen och är säkra på att han kommer till sin nästa tävling i Sardinien med samma inställning som senast i Argentina, säger Adamo.
SVT Sports expert Jonas Kruse är inte förvånad över petningen och tror att nästa tävling kommer att spela stor roll för Mikkelsen.
– Andreas ska köra nästa tävling på Sardinien och den tävlingen kommer bli helt avgörande för Mikkelsens fortsatta säsong. Ett dåligt resultat där och han kommer få svårt att hitta tillbaka och nya stentuffe team chefen Andrea Adamo kommer inte tveka att ersätta honom med Loeb eller Sordo, säger han.
Måndag den 27 maj sänds Rallymagasinet 22:20 i SVT2 med allt inför VM-deltävlingen i Portugal.