Efter gårdagens succé med första segern fick Ekström starta först på dagens sträcka, 28,7 mil specialsträcka och 49,1 mil totalt.
– Det var en speciell känsla att vara första bil idag, för första gången i mitt liv faktiskt. Att vi också kom först till målet kändes bra. Vi hade bara inte farten för att vinna etappen, säger Ekström.
Svenskparet är bäst i Audi-teamet men fortfarande elva i sammandraget, 2.43 timmar bakom Al-Attiyah.
– Vår strategi är att ta bilen i mål och den planen tänker vi fortsätta att hålla oss till.
Sebastian Eriksson och kartläsaren Wouter Rosegaar, Nederländerna, är fortsatt tvåa i lättviktsklassen (prototyper) efter att ha blivit fyra på dagens etapp. I samma klass är tyskan Annett Fischer och svenska kartläsaren Annie Seel 21:a ekipage.