Den här gången blev han ensam svensk på pallen då Sebastien Loeb blev tvåa och norrmannen Petter Solberg trea.
Timmy Hansen låg med i täten, men på grund av en jättemiss föll han ner till en sistaplats i finalen.
Mattias Ekström missade final då han kom fyra i den första semifinalen med Kristoffersson, Andreas Bakkerud och Guerlain Chicherit framför sig.
Det var den 32:a tävlingen i rad med en svensk på pallen. Segern var Kristoffersson elfte i rallycross-VM.
– Jag är full av adrenalin. Det var väldigt svåra förhållanden, men jag lyckades komma i mål först, säger svensken.
Finalen, rallycross-VM i Portugal
1. Johan Kristoffersson
2. Sebastien Loeb
3. Petter Solberg
4. Andreas Bakkerud
5. Guerlain Chicherit
6. Timmy Hansen