Ekipaget var felfritt på den svåra banan, där bommarna föll för åt höger och vänster för de flesta andra. Först den 26:e ryttaren klarade banan felfritt inom maxtiden, Harrie Smolders på Don VHP Z, uppger Tidningen Ridsport.
En av alla som rev är Peder Fredricson på Christian K, som hade ett nedslag på tionde hindret och slutade på nionde plats.
von Eckermann och Mary Lou touchade samma hinder, men bommen låg denna gång kvar. Ekipaget blev ett av fem som gjorde upp om segern i en spännande omhoppning.
– Henrik gjorde en fantastiskt väl avvägd runda, säger Ankarcrona som är på plats i Genève.
Vann gjorde Kent Farrington på Gazelle, som klarade banan en halv sekund snabbare än von Eckermann.
– Alla de bästa i världen är här och det var en otroligt tuff och krävande bana. Detta är en otroligt hedrande andraplats, säger Ankarcrona.
von Eckermann själv var inte helt nöjd.
-Klart att jag ville vinna. Främst för Mary Lous skull, säger han till ridsportsförbundet.
-Hon har klarat den här tävlingen så bra. Hon hade verkligen varit värd att få vinna en titel. Hon är känslig och var sjövild utanför arenan. Men när hon kommer in på banan är hon helt fokuserad.