Den 27-åriga svenskan simmade sex tiondelar snabbare än vad hon gjort tidigare under världscupen och slog handen i kaklet på tiden 55,46.
– Jag är riktigt nöjd över att avsluta på 55 sekunder. Målet var att simma snabbare för varje deltävling, säger Louise Hansson i Eurovision Sports sändning.
Hon slutade trea på distansen i Shanghai och fyra i sydkoreanska Incheon. Nu kom fullträffen för sommarens OS-finalist.
Segern gjorde att hon också stoppade 21-åriga finländskan Laura Lahtinen från bonuschecken på drygt 100 000 kronor som går till de simmare som lyckas ta tre raka segrar i sin gren under världscupen.
Lahtinen blev bara trea och Hanssons segermarginal till 17-åriga japanska tvåan Mizuki Hirai blev 35 hundradelar.
Även Sara Junevik simmade i finalen och slutade sexa på 56,99. Junevik dubblerade och slutade fyra på 100 meter fritt på 52,61, dryga halvsekunden från tredjeplatsen.