Svensken inledde långsamt, men ökade hela tiden och vann till slut på tiden 6.15,56, fem sekunder före tvåan Ted-Jan Bloemen, Kanada.
– Jag tog det lugnt i början, höll igen första halvan. Andra halvan är det bara att göra allt man kan, säger han.
– Jag har nog aldrig trivts så mycket på en tävlingsarena. Det var riktigt kul att vara tillbaka och tävla.
Bloemen har världsrekordet som ligger på 6.01,86. Trea kom nederländaren Patrick Roest.
Van der Poel har ännu ingen OS-plats, men siktar att kvala in på både 5 000 meter och 10 000 meter. På den längre distansen är han världsrekordinnehavare.
Dagens tävling gör att den 25-årige svensken är klart närmare den förväntade platsen på 5 000.
– Jag har ju ett väldigt bra utgångsläge nu för att göra det bra i den totala världscuprankingen. Fortsätter det så här så kommer jag inte behöva göra fyra världscuptävlingar, utan då räcker det väl kanske med tre, säger han.
Van der Poel är självsäker kring att ta dubbla OS-platser.
– Det skulle vara att jag skadar mig eller blir sjuk. Men jag känner mig väldigt trygg.
OS i Peking inleds den 4 februari och där är van der Poel ett av Sveriges stora medaljhopp.
Vägen till en OS-plats
På 5 000 meter i OS får 20 tävlande delta, på 10 000 meter är det totalt tolv tävlande.
Kvaltävlingarna hålls mellan den 1 november och den 19 december 2021. Fyra världscuptävlingar utgör kvalet.
12–14 november: Tomaszów Mazowiecki, Polen.
19–21 november: Stavanger, Norge (enda loppet på 10 000 meter).
3–5 december: Salt Lake City, USA.
10–12 december: Calgary, Kanada.
Det finns två sätt att få en kvotplats till OS på de långa distanserna:
1) Poängrankning: Samtliga resultat på 5 000 meter och 10 000 meter ligger till grund för en poängtabell. Från listan tilldelas de 14 bästa en plats på 5 000 meter och de åtta bästa en plats på 10 000 meter.
2) Tidsrankning: Därefter ges platser till de sex bästa kvarvarande tiderna på 5 000 meter och de fyra bästa kvarvarande tiderna på 10 000 meter.
Sedan upprättas en reservlista. Senast den 22 januari 2022 ska alla reservplatser vara fördelade – om det blir aktuellt att någon av de uttagna åkarna faller ifrån.