– Jag älskar att spela här och har alltid älskat det, sade den amerikanska superstjärnan.
Hon har vunnit turneringen i Toronto tre gånger.
– Jag är så dålig på att ta farväl.
Schweiziska Bencic, OS-guldmedaljör från Tokyo i fjol och tolfte rankade i världen, besegrade amerikanskan i två raka set – 6–2, 6–4.
Orankade Serena Williams vann i den första rundan av WTA-turneringen i Toronto i måndags i två raka set mot 57:e rankade Nuria Parrizas-Diaz. Men natten mot torsdag tog alltså turneringen slut för Williams.
I en text av Williams som publicerades i Vogue tidigare i veckan, liksom i ett inlägg på Instagram, säger tennisstjärnan att nedräkningen till pensionering från idrotten har börjat. Hon har inte sagt något mer precist om när hon planerar att sluta och väntas i alla fall tävla i Cincinnati nästa vecka innan hon deltar i US Open som börjar den 29 augusti.
40-åriga Williams har vunnit US Open sex gånger och gör hon det igen skulle det innebära totalt 24 grand slam-titlar. Något som bara Margaret Court har lyckats med tidigare.