Det gör att han tappar förstaplatsen på rankingen till Novak Djokovic.
Det är inte knät som stoppar Nadal utan magen.
– De senaste dagarna har jag känt av lite grand i magen, speciellt när jag servat, säger Nadal som av sin läkare fått rådet att inte spela för att inte riskera att få långvariga problem, uppger AP. Nadal skulle mött sin spanske landsman Fernando Verdasco.
ATP-slutspelet i fara
Nu är även ATP-slutspelet i London med start 11 november i fara.
– Jag vet inte. Jag kan inte svara på hur det kommer att bli. Jag skulle älska att få spela i London men det viktigaste för mig är att bli frisk, säger Nadal.
När den nästa rankingen släpps på måndag kommer Djokovic att toppa den.
Roger Federer skulle också gått in i Paris storturnering i dag men fick vila eftersom hårdservande Milos Raionic lämnade återbud på grund av en armbågsskada. Schweizaren fick en bye i den första omgången och har nått tredje omgången utan att spela en enda boll.