Williams dominerade matchen och satte 13 ess mot den åttondeseedade tjeckiskan. Det var Williams första seger över en topp 10-spelare sedan hon fött barn förra året.
– Jag spelade inte särskilt bra, men kände att jag kunde spela bättre, säger Willams till AP.
– Jag vill bara ta mig förbi semifinalen, jag har haft några tuffa semifinaler här.
I semin möter Williams lettiskan Anastasija Sevastova som tidigare under tisdagen slog ut fjolårsvinnaren Sloane Stephens. I den fuktiga New York-hettan föll den tredjeseedade amerikanskan tungt med siffrorna 2–6, 3–6.
– När du inte spelar de viktiga bollarna bra kan matchen rinna dig ur händerna, säger Stephens, som missade totalt sju breakchanser i första set.