I första set hade 13-rankade Wozniacki flytet och koncentrationen med sig och vann snabbt med 6–0. Men 68-rankade Kundermetova fick nya krafter i andra set.
– En underbar dag, jag är så glad. Jag var nervös i första set, men inte sen, sa Kundermetova direkt efter matchen.
Kundermetova vann andra setet snabbt mned 6–3 och hade ett klart grepp om det avgörande set då det blev lite nervöst på slutet. Men en bra nätattack avslutade matchen.
Franska mästerskapen blev en stjärna fattigare tidigare på morgonen då den sjätteseedade tjeckiskan Petra Kvitova tvingades lämna återbud bara timmarna före första matchen.
Årets Australian Open-finalist och tidigare Wimbledon-mästarinna har problem med en arm.
”Jag har haft ont i vänstra armen i några veckor och en MRI-undersökning visade på en sträckning som kan förvärras om jag spelar”, skriver 29-åringen på Twitter.
Kvitova skulle ha mött rumänskan Sorana Cirstea i första omgången. Hon ersätts av slovenskan Kaja Juvan.