29-åringen, som har tre individuella segrar i världscupen, informerade om sjukdomen på en presskonferens på onsdagen.
Det var efter träningsläger i Sydamerika nyligen som Hintermann noterade en knöl på halsen. Efter att ha undersökts konstaterades cancertumörer i halsen och strax under nyckelbenet.
Han ska nu inleda behandling som väntas pågå i runt sex månader, uppger det schweiziska skidförbundet.
"Om allt går enligt plan hoppas vi att Niels kommer att vara tillbaka med full styrka till säsongen 2025–26", säger den schweiziske landslagsläkaren Walter Frey.