”Det finns domstolsbeslut om att stänga Al Jazeera i 45 dagar”, sade en israelisk soldat till den lokale byråchefen Walid al-Omari under militärens aktion, som kanalen direktsände.
Kanalens medarbetare uppmanades att ta sin utrustning och omedelbart lämna kontoret.
Ordern uppges enligt den israeliska militären ha utfärdades efter att rätts- och underrättelseutlåtanden ”fastställt att kontoren användes för att uppmana till terror, för att stödja terroristverksamhet” och att sändningarna äventyrar Israels säkerhet, enligt ett uttalande.
Tidigare i år förbjöds Al Jazeera i Israel. Israel anklagade då kanalen för att sprida osant innehåll.
Kanalen, vars största finansiär är Qatar, har avvisat anklagelserna och fördömer Israels ”kriminella handling” i ett uttalande.
Vidare anser kanalen att ”razzian mot kontoret och beslagtagande av vår utrustning inte bara är en attack mot Al Jazeera, utan en kränkning mot pressfriheten och själva principerna av journalistiken”.
Kanalen bevakar kriget mellan Israel och Hamas nonstop sedan Hamas terrorattack på Israel för snart ett år sedan, och återger ofta uttalanden från Hamas och andra grupper som Israel ser som terrorister.
Kanalen fortsätter att sända från Amman i Jordanien efter stängningen i Ramallah.