Museets chef Joerg Drieselmann berättar för den tyska dagstidningen Der Tagesspiegel att en av de stulna medaljerna är en Karl Marx-orden, som var Östtysklands förnämsta förtjänstorden.
Stasimuseet, även känt som Forschungs- und Gedenkstätte Normannenstrasse, är både ett museum och forskningscenter, beläget i den byggnad som förut var Stasis högkvarter i stadsdelen Lichtenberg i Berlin.
Det är det andra uppmärksammade inbrottet på ett museum i Tyskland den senaste veckan. Den 25 november stals smycken och andra skatter, som sägs vara värda upp till motsvarande tio miljarder kronor, från museet Grünes Gewölbe (Gröna valvet) i Dresden.