Företaget upptäckte i början av maj att flera användares mobiltelefoner fått programmet installerat via applikationens samtalsfunktion, rapporterar tidningen.
Trots att användaren inte svarade på samtalet kunde mobilen smittas med programmets kod, som ska komma från det Israelbaserade företaget NSO.
Samtalet ska även raderats från listan över inkommande samtal.
Uppmanas att uppdatera
Det är oklart hur många av appens över 1,5 miljarder användare som påverkats, men programmet har installerats på flera olika mobilplattformar. Användare uppmanas därför att uppdatera till den senaste versionen av appen.
NSO är känt som en tillverkare av övervakningsprogram för nationella säkerhetstjänster. Det mest kända kallas för Pegasus och låter användaren kontrollera kameran och mikrofonen på den mobiltelefon som smittas med programmets kod.
Det Israelbaserade företaget säger att de kommer att utreda saken, men förnekar att de själva skulle ha installerat programmet i appen.