Rättegången är den första sedan Uganda antog lagskärpningar mot homosexualitet, uppger den ene mannens advokat. Tidigare planerade mål har lagts ned i brist på bevis.
Enligt de nya lagarna kan ugandier dömas till livstids fängelse vid upprepade homosexuella handlingar. Lagen kräver också att medborgarna anger homosexuella.
De två åtalade greps i januari, när den gamla lagen gällde. President Yoweri Museveni skrev under lagändringarna i februari.