Frågan väckte stor debatt på stämman, och flera ombud gick upp och försvarade motionen som ville göra det olagligt att omskära pojkar.
– Det är ett övergrepp på en annan människa, sade ungdomsförbundets Aron Larsson från Jönköping.
Anders W Jonsson, vice ordförande, varnade stämman för att anta förslaget.
– Omskärelse är grunden för två världsreligioner. Ett förbud kommer att tolkas som att vi går emot dessa folkgrupper som redan har det svårt och att vi är emot judendom och islam, sade han.
Under debatten valde du att varna för att beslutet kan uppfattas som att ni vill förbjuda judendomen och islam, är du orolig för det?
– Man måste betona att debatten handlade över huvud taget inte om religion, utan man valde barnrättsperspektivet och integritetsperspektivet, säger Jonsson.
– Det handlar inte om omsorg om pojkars hälsa. Orsaken är rädslan att stöta sig med religiösa grupper, sade Josefin Silverfur från Stockholms län.
Marmorstein: ”Ganska överraskande”
SVT:s politikreporter Elisabeth Marmorstein säger att beslutet är ganska överraskande och en av få stunder som stämman har kört över partistyrelsen.
– Här har partistyrelsen en helt annan linje. Man är rädd att det ska tolkas som att Centerpartiet går emot muslimer och judar om man väljer att verka för något som går emot deras religion, säger Elisabeth Marmorstein.