Förslagen ingår i en kritisk rapport som lämnas till regeringen på fredagen, avslöjar SVT:s Aktuellt.
Enligt ESV finns stora brister i den interna kontrollen och uppföljningen. Ökade kostnader har inte redovisats, trots att de varit kända.
ESV föreslår att generaldirektören blir myndighetschef, eller jämställs med ÖB vid ekonomiska beslut.