Mannen är misstänkt för förberedelse till terroristbrott och allmän ödeläggelse.
Tingsrätten ansåg dock inte att det fanns tillräckliga bevis för att mannen skulle häktas och han släpptes efter förhandlingen.
Al-Aqsa Spannmål hjälper palestinska områden med ekonomiskt bistånd.
Trots att tingsrätten underkände åklagaren Agnetha Hilding Qvarnströms allvarligaste anklagelsepunkter anser hon fortfarande att Khaled el-Yousef ger pengar till terrorister.
-Jag hade begärt honom häktad på sannolika skäl misstänkt för förberedelse till terroristbrott och förberedelse till allmänfarlig ödeläggelse och brott mot finansieringslagen. Tingsrätten fann då att det var sannolika skäl för brott mot finansieringslagen, men inte i övrigt och fann då inte skäl till häktning, säger hon.
Förnekar brott
Polisen slog till mot Al-Aqsa spannmåls lokaler i tisdags. Samtidigt greps ordföranden för organisationen och sedan dess har ärendet omgärdats av sträng sekretess.
Khaled el-Yousef hävdar att pengarna har gått till hederlig välgörenhet i de palestinska områdena.
-Det var inget till Hamas. Jag skickade till åtta föreningar i Palestina. De är alla godkända och har tillstånd av Israel och av den palestinska regeringen, säger han.
USA-begäran
USA har tidigare försökt få Sverige att frysa organisationen Al-Aqsa spannmåls tillgångar. Den tidigare regeringen sade nej till den begäran.
Åklagaren Agnetha Hilding Qvarnström säger att hon inte har utsatts för några påtryckningar från USA.