I beslutet finns också en dispens från artskyddsförordningen då bygget av den nya järnvägen kan komma att påverka livsmiljön för den fridlysta hasselsnoken.
Sträckan som nu fått klartecken är totalt 15 kilometer lång och en utredning om hur järnvägen ska utformas och byggas godkändes 2023.
Länsstyrelsen skriver att projektet kommer ge en stor påverkan på miljön, men valet av att bygga en lång tunnel är tänkt att begränsa ingrepp för naturvård och friluftsliv. Men särskilt under byggtiden kommer närboende störas.
– Vi bedömer att Trafikverket i det här skedet har tagit de hänsyn som är rimliga, säger Jan Persson, samhällsbyggnadsdirektör, Länsstyrelsen Östergötland.