Även efter avslutade förhör på tisdagen är pojkarna fortsatt frihetsberövade, uppger polisen.
Händelsen anmäldes under måndagskvällen och ska ha inträffat någon gång under måndagen. Den utsatte pojken ska ha bott på samma boende som 15-åringarna och det var personal som gjorde anmälan.
Åklagare Patrik Holgersson vill inte gå in på vad det är för typ av boende eller vad som framkommit i förhör.
Specialutbildat personal vid förhören
– Jag kan bekräfta att två 15-åringar är anhållna misstänkta för våldtäkt men den här utredningen är i ett så tidigt skede att jag inte kan säga något mer än så, säger han till SVT Nyheter Småland.
Pojken som ska ha utsatts för brottet är yngre än de misstänkta.
Enligt TT har inledande förhör hållits med hjälp av specialutbildad personal som har vana av att förhöra barn. 15-åringarna är i nuläget skäligen misstänkta – den lägre misstankegraden. I övrigt är polisen företegen om ärendet.