Polisen berättar för SVT att den skadade tonåringen har förts till ett universitetssjukhus för vård.
– Han är väldigt skadad, säger Henrik Hägglund vid Nyköpingspolisens enhet för grova brott.
Enligt Södermanlands Nyheter säger åklagare Fredrik Beijar att offret har blivit skjuten i huvudet med ett skott.
Under tisdagskvällen spärrade polisen av brottsplatsen samt Folkungavägen i centrala Nyköping och förhörde personer i närheten.
Johnny Gustavsson, presstalesperson på Polisen, berättar att det fanns flera personer i närheten av lägenheten när polisen kom fram.
– Det fanns en hel del folk på platsen i anslutning till lägenheten och trapphuset. I krokarna helt enkelt. Hur många som varit i lägenheten och som är aktuella för utredningen har jag ingen uppfattning om, säger Johnny Gustavsson.
Två anhållna under morgonen
Två unga män, båda 18 år gamla, greps misstänkta för inblandning i händelsen och anhölls under onsdagsmorgonen av åklagare.
Polisen har inlett en förundersökning om försök till mord och grovt vapenbrott och fynd har hittas på platsen.
– Vilken misstankegrad det blir återstår att se under eftermiddagen, säger Henrik Hägglund.
I nuläget vet man inte om händelsen har kopplingar till gängkriminalitet eller om de misstänka är kända av polisen sedan tidigare.