Olyckan inträffade vid en järnvägsövergång utan bommar, men med varningslampa.
Den person som satt fast i bilen var vid 18-tiden lossklippt och kunde påbörja transport mot sjukhus med helikopter. Enligt räddningstjänsten är personen svårt skadad.
Den påkörda A-traktorn ska bärgas bort av polisen som ska genomföra en teknisk undersökning.
Stor påverkan på tågtrafiken
Tåget ska inte ha fått några större skador och det finns inga uppgifter om skadade passagerare ombord.
– Tåget står kvar på rälsen men en bit bort, eftersom det kom i ganska hög fart och det tog en stund att stanna, säger Johnny Gustavsson, presstalesperson vid polisen.
Samtliga passagerare fick stanna kvar på tåget i väntan på att en ny lokförare skulle anlända från Eskilstuna. Vid 20-tiden hade tåget dock fortfarande inte lämnat olycksplatsen.
Olyckan har under kvällen påverkat en rad tågavgångar mellan Stockholm och Norrköping, med kraftiga förseningar och inställda tåg som följd.