Drönaren sågs söder om flygplatsen på tisdagskvällen och man beslutade då att stoppa all flytrafik.
– Vi hade ungefär 45 minuter stopp i luftrummet. Ett antal resenärer blir försenade på grund av detta och det är ju olyckligt, säger Ulrika Fager vid Swedavias pressjour.
Omkring 20 flyg drabbades av stoppet och händelsen fortsätter att orsaka följdförseningar i flygtrafiken under kvällen, uppger Swedavia.
– Alltid när det blir stopp så tar det en stund innan det återgår till det normala men hur stora de blir är för tidigt att säga, säger Ulrika Fager.
För bara en vecka sedan hände samma sak på Arlanda. Då påverkades 14 avgångar av stoppet.
Sedan den 1 augusti krävs det inte längre tillstånd att filma med drönare. Enligt Luftfartsverket misstolkar många det som att det är fritt fram att flyga, men det krävs fortfarande tillstånd från flygledningen för att köra en drönare inom kontrollerat luftrum.