Det beslutade Mark- och miljödomstolen vid Nacka tingsrätt i dag.
I beslutet ingår också tillstånd att leda bort grundvatten bland annat kring bygget av den planerade bussterminalen i Katarinaberget.
Genom den nya regleringen av Mälaren minskar risken för översvämningar och därmed skador på bebyggelse och infrastruktur, skriver domstolen i ett pressmeddelande.
Man framhäver även fördelar för dricksvattenförsörjningen och sjöfarten.
Domstolen poängterar också att regleringen är positiv för naturvårdsintressen genom att vattenståndet blir något högre under några veckor på våren. ”Detta sker dock på bekostnad av jordbrukets intressen då det senarelägger tidpunkten för vårsådd”, skriver man.