Vattenanläggningen i nya Slussen kommer att bestå av två så kallade avbördningskanaler och en slusskanal för båtar. Det är avbördningskanalerna som reglerar Mälarens vattennivå genom att släppa ut vatten i Saltsjön och därigenom minskar översvämningsrisken i bland annat tunnelbanan, men också i hela Mälardalen.
Den nya Victoriaslussen som invigdes av sin namne kronprinsessan ska när den är klar kunna släppa ut 1 400 kubikmeter vatten i sekunden. De tidigare slussarnas kapacitet var på 300 kubikmeter per sekund.
Under onsdagen öppnade kronprinssesan Victoria luckan till den ena avbördningskanalen. Den andra är ännu inte klar. Slusskanalen för båtar räknar man med ska öppna år 2025. Då kommer 16 000 båtar kunna slussa där varje år.