Mannen greps tidigare i höstas, misstänkt för att vid tio tillfällen under våren ha våldtagit en av sina konfirmander. Övergreppen ska ha skett mellan den 1 februari och den 31 maj i år.
Enligt kammaråklagare Emma Häggström har våldtäkterna skett på en mindre uppländsk ort. Den drabbade var då enligt åtalet under 15 år.
Prästen har erkänt sexuellt utnyttjande av barn men nekar till våldtäkt.