Kommunen hade sökt bidrag på över en miljard kronor för ett så kallat stadsmiljöavtal.
Erik Pelling (S), kommunalråd, är besviken över att Trafikverket under måndagen sa nej och prioriterade andra projekt.
– Det är tråkigt så klart, men utifrån de signaler vi fått från Trafikverket så har vi ett starkt case. Så vi får jobba vidare, säger han.
Det går att ansöka om pengar även de kommande två åren. Nu ska Uppsala analysera vad som krävs.
– Vi visste att vi var i ett tidigt skede och vi behöver vara mer detaljerade med vår motprestation – för att få pengarna behöver vi kunna visa hur vi själva kan förbättra vår stadsmiljö. Det handlar till exempel om hur vi kan förbättra för cyklister och kollektivtrafik och var vi planerar att bygga x antal bostäder, säger Erik Pelling.
Pengar till Ultunalänken
Uppsala har redan fått 900 miljoner kronor i bidrag av staten för spårväg mellan Gottunda och Bergsbrunna, den så kallade Ultunalänken.
Pelling tycker det är självklart att staten ska vara med och betala ännu mer för att bygga ut kollektivtrafiken i Sveriges fjärde största stad.
– Men nu behöver vi vässa våra argument och ha en bättre dialog med Trafikverket under resans gång.
Lennart Kallander på Trafikverket bekräftar det Erik Pelling säger. Tanken att flytta över många av personresorna till kollektivtrafik ligger i linje med vad stadsmiljöavtalen vill uppnå, men det behövs mer detaljer kring tider, kostnader och innehåll.
– Jag tror att man är lite tidigt ute, och man har inte kommit så långt, säger Lennart Kallander.