En kommission kommer nu att designa en ny flagga som invånarna får rösta om i november.
För många amerikaner är sydstatsflaggan en symbol för syds kamp mot nordstaterna och mot överstatlig inblandning. På senare år har den också blivit en symbol för rasism och segregation.
Mississippi är den enda amerikanska delstaten som ännu har kvar sydstatsflaggan i sin officiella flagga. År 2001 röstade invånarna med stor marginal ner ett förslag om ny flagga.
Varuhuskedjan Walmart gick tidigare i veckan ut med att bolaget ska sluta sälja varor med sydstatsflaggan, rapporterar Reuters.
Fakta: Sydstatsflaggor och statyer
Utöver att vara en symbol mot den framväxande medborgarrörelsen på 1960-talet är flaggan ett sätt att minnas de som stupade i USA:s inbördeskrig som pågick mellan nord och syd 1861–1865. Krigets utbrott berodde till stor del på frågan om slaveriet. I sydstaterna ansågs det nödvändigt för att bevara den ekonomiskt viktiga bomullsodlingen medan nordstaterna ville avskaffa slaveriet.
I USA beräknas totalt över 1 800 sydstatssymboler ha rests, bland dessa över 700 statyer eller monument över sydstaternas militära och politiska förgrundsgestalter. Detta skedde främst under två perioder, 1896–1915 efter att de så kallade Jim Crow-lagarna om rasåtskillnad införts i många sydstater, samt 1955–1965 i samband med medborgarrättsrörelsen. De mest avbildade personerna är generalerna Robert E Lee och Thomas ”Stonewall” Jackson samt sydstaternas president Jefferson Davis.
Källa: Nationalencyklopedin, Uppsala universitet, Southern Poverty Law Center