Med nästan alla röster räknade hade 59 procent röstat för stoppet, som påverkar en åttondel av all oljeproduktion i landet.
– Jag känner mig överlycklig över ecuadorians rungande beslut att stoppa oljeborrning i mitt folks heliga hemland, säger Waorani-ledaren Nemonte Nenquimo enligt The Guardian.
Hon fortsätter:
– Detta är en stor seger för alla ursprungsbefolkningar, för djuren, växterna, skogens andar och vårt klimat!
Reservatet där det omstridda oljefyndet är hem åt fem grupper urinvånare, varav tre lever isolerat från omvärlden Borrningarna inleddes 2016 och avgående presidenten Guillermo Lasso har tidigare sagt att ett stopp kommer att kosta Ecuador motsvarande 176 miljarder kronor de kommande 20 åren.
Högerkandidat överraskade
Vem som tar över som president blev däremot inte klart under helgen. Den vänsterlutande advokaten Luisa González gick starkast och fick 33 procent av rösterna. Men valet kommer gå till en andra valomgång den 15 oktober.
Då kommer hon ställas mot valets stora överraskning, högerkandidaten Daniel Noboa. Han fick 24 procent av rösterna, ett resultat långt före flera av förhandsfavoriterna.
35-årige Noboa tros ha vunnit många röster på ett starkt framträdande i den enda tv-sända debatten, där han var klädd i skottsäker väst. Valet hölls i skuggan av mordet på presidentkandidaten Fernando Villavicencio i Quito den 9 augusti. Han bedrev en kampanj mot korruption och organiserad brottslighet, och i valet har så gott som samtliga kandidater lovat bekämpa drogkartellerna.
I klippet: Här engageras 3600 poliser för att flytta gängledaren som tros vara kopplad till mordet på presidentkandidaten: