Enligt valkommissionen har 76-årige Yoweri Museveni 58,9 procent av folkets stöd och Wine 34,6 när 91 procent av rösterna räknats.
Oppositionsledaren Bobi Wine, vars riktiga namn är Robert Kyagulanyi, har dock avfärdat siffrorna och säger att utbredda bedrägerier förekommit.
Militär närvaro
Under fredagen uppgav oppositionskandidaten att hans hem var belägrat och att hans liv var i fara.
– Jag har försökt att lämna mitt område och jag stoppas av militären. De säger att de har order att inte låta mig gå, säger Bobi Wine nyhetsbyrån Reuters på lördagen.
Men enligt polisen handlar det bara om att de har trappat upp sin närvaro i Wines bostadsområde för hans egen säkerhets skull. Säkerhetsstyrkorna har dock enligt vittnen även hindrat internationella journalister från att komma in.
Internet stängt
Regeringen beslutade i onsdags att stänga ned internet och sociala medier, som fortfarande inte fungerar.
Bobi Wine och hans anhängare har använt Facebook för presskonferenser sedan han uppgett att många medieföretag inte velat ta emot honom. Han har lovat att videobevis för valfusket kommer att delas så snart internetuppkopplingen fungerar igen.
”Bristfällig”
USA och EU har inte haft några observatörer vid valet, men en av de ansvariga för Afrikafrågor på USA:s UD, Tibor Nagy, skriver på Twitter att valprocessen i grunden har varit bristfällig, och hänvisar till rapporter om bedrägerier, att observatörer inte har ackrediterats samt våld och trakasserier av medlemmar oppositionen.
Afrikanska unionen (AU) och Östafrikanska gemenskapen har haft observatörer på plats, men därifrån har inga uppgifter om eventuella oegentligheter kommit.
Upptakten till torsdagens presidentval har varit en av de mest våldsamma på många år och många oppositionsanhängare har dödats under valrörelsen.
Fakta: Stark presidentmakt
Uganda är en republik med stark presidentmakt. Sedan grundlagen ändrades 2005 har landet ett flerpartisystem, men i praktiken ligger nästan all makt hos Yoweri Museveni, president sedan 1986, och hans maktapparat Nationella motståndsrörelsen (NRM).
På senare år har regeringen, och även Museveni, förlorat i popularitet, särskilt bland medelklassen i städerna, där allt fler har börjat ställa krav på en ökad demokratisering. Utbredd korruption, hög arbetslöshet och bostadsbrist har spätt på missnöjet.
Den 38-årige tidigare popstjärnan Bobi Wine har nått många unga ugandier med sitt budskap om politisk förändring i landet där Museveni suttit på presidentposten i 35 år.
Den 76-årige Yoweri Museveni har argumenterat för att hans långa erfarenhet gör honom till en bra ledare och har lovat att ge landet stabilitet och framsteg.
Presidentval hålls vart femte år. I år fanns elva kandidater, varav en är kvinna. Förutom president ska också 529 parlamentsledamöter väljas.
Källa: Landguiden/UI, BBC