Viruset upptäcktes hos mannen efter att han uppvisat allvarliga influensasymptom, enligt ett uttalande från departementet. De understryker att patinten är i stabilt tillstånd.
Landets regering är igång med att försöka identifiera smittkällan, samt undersöker de människor som varit i kontakt med patienten.
Export stoppad efter nya fall
Chile har rapporterat fall av fågelinfluensa H5N1 sedan slutet av förra året hos vilda djur. Nyligen upptäckta fall i industrigårdar har fått regeringen att stoppa exporten av fjäderfän. Industrifall har också upptäckts i Argentina – men Brasilien, världens största exportör av fjäderfän, är fortfarande fritt från smittan, enligt nyhetsbyrån.
Chilenska hälsomyndigheter noterade att viruset kan överföras från fåglar eller marina däggdjur till människor, men det finns ingen känd överföring från människa till människa.