Att Kaja Kallas, som lämnade in sin avskedsansökan till presidenten på måndagen, avgår betyder att en ny regering behöver bildas.
Kallas, som suttit som premiärminister sedan 2021, kommer dock att leda regeringen fram tills dess.
– Det har varit en tid full av kriser med milstenar så som coronaviruset, den ekonomiska recessionen och krig i Europa, när Ryssland förstörde vårt säkerhetsläge med sin aggression i Ukraina, säger presidenten Alar Karis, enligt ERR.
Kaja Kallas säger att hon tillträdde i en unikt turbulent tid.
– Det finns definitivt saker jag ångrar, men det är inte läge att berätta vad i nuläget. En dag, när jag skriver min bok, kommer jag att lägga ut orden om detta, säger hon.