I sitt utlåtande motiverar domstolen beslutet med att ryska myndigheter inte vidtagit tillräckligt kraftfulla åtgärder för att garantera Navalnyjs säkerhet sedan förgiftningsattacken i fjol.
Enligt domstolen så finns det en överhängande hotbild mot honom.
Det var i mitten av januari som oppositionskritikern Aleksej Navalnyj återvände till Ryssland efter ha legat i koma i Tyskland, sedan han förgiftats av nervgiftet novitjok i augusti 2020.
Många aktörer, inklusive Navalnyj, misstänker och beskyller öppet den ryska regeringen för att ha beordrat dådet, något som Kreml förnekar bestämt.
I början av februari dömdes Navalnyj till tre och ett halvt års fängelse för att ha brutit mot anmälningsplikten i ett villkorligt straff från 2014. Han menade till sitt försvar att han låg i koma och därför inte kunde närvara.
Ryssland: Inte möjligt
Men ryska myndigheter har inte gett någon indikation på att de tänker hörsamma Europadomstolens krav – tvärtom. Enligt dem finns tillräckliga säkerhetsåtgärder kring Navalnyj på plats.
På onsdagen sa den ryska justitieministern att ett frisläppande vore omöjligt och att något sådant saknar stöd i rysk lag. Ministern säger även att domstolens krav är unikt i sin ambition att påverka det ryska rättsväsendets arbete.