Mohammed Deif var ledare för Hamas militära gren. Enligt IDF dog han i ett luftangrepp i Khan Yunis i södra Gaza den 13 juli.
IDF uppger att Hamasledaren dog i ”ett exakt riktat anfall” mot en anläggning, som även dödade Hamasbefälet Rafa'a Salameh.
Enligt det Hamaskontrollerade hälsodepartementet dog över 90 personer i attacken, och flera hundra skadades.
Israels militär uppgav i samband med händelsen att målet var att döda Mohammed Deif. IDF säger sig nu ha gjort en underrättelsebedömning som bekräftar hans död.
IDF: Genomfört terrorattacker mot Israel
Enligt IDF har Mohammed Deif ”regisserat, planerat och genomfört ett flertal terrorattacker” mot Israel.
IDF:s uttalande kommer mindre än två dygn efter att Hamas politiska ledare Ismail Haniya dödades i Iran huvudstad Teheran, något Israel ännu inte kommenterat.
Mohammed Deif har varit eftersökt av Israel i nära tre decennier, och finns på USA:s lista över internationella terrorister sedan 2015, skriver AFP.
Höll sig gömd från allmänheten
Mohammed Deif var en av grundarna till Hamas militära gren Qassam-brigaderna på 90-talet och uppges vara en av dem som orkestrerade attacken den 7 oktober, skriver AP.
Det finns få bilder på Mohammed Deif, som aldrig deltog i offentliga sammanhang. Han har tidigare överlevt flera israeliska mordförsök.
Hamas har inte kommenterat dödsfallet.