Den fatwa, ett så kallat religiöst påbud, som utfärdats av de sunnimuslimska extremisterna skulle kunna drabba fyra miljoner kvinnor och flickor, säger FN-samordnaren Jacqueline Badcock till reportrar i Genève, via videolänk från Arbil.
Enligt Badcock gäller fatwan kvinnor i åldern 11 till 46.
– Detta är väldigt nytt för Irak, särskilt i det här området. Det är mycket oroande och behöver åtgärdas, säger hon enligt Reuters.
– Det här är varken viljan hos det irakiska folket, eller kvinnorna i Irak i dessa utsatta områden som kontrolleras av terroristerna, tillade hon.
Uppgifterna ifrågasätts
Ingen från Is har kommenterat uppgifterna, och det har väckts frågor om påståendet faktiskt är sant. Jenan Moussa, en korrespondent för Dubai-baserade nyhetsbolaget Al Aan TV, skriver på Twitter att hennes kontakter i området inte har hört talas om fatwan. Även andra har sagt att detta är påhittat för att svärta ned Is.
Senare under torsdagen diskuterades det på sociala medier att uppmaningen ser ut att vara ett år gammal och utfärdad under gruppens tidigare namn – Islamiska staten i Irak och Syrien (Isis). I dag kallar sig gruppen bara Islamiska staten.
En talesperson för FN i Genève säger att man arbetar med att försöka reda ut sanningshalten i påståendena, skriver TT.
Vanligast i Afrika och Mellanöstern
Könsstympning förekommer främst i länder i Afrika och Mellanöstern, enligt UNICEF.
Det finns flera typer av kvinnlig könsstympning. Det innebär antingen att delar av de yttre könsdelarna skärs bort, eller att allt avlägsnas – både inre och yttre blygläppar och klitoris.
Is intog Mosul, Iraks näst största stad, i juni och har sedan dess tagit över delar av nordvästra Irak. Majoriteten av invånarna i Mosul är sunnimuslimer, och terrororganisationen har en extremt sträng tolkning av islam som den har drivit igenom med mycket brutala metoder där den ryckt fram.
Kristna flyr staden
Efter att gruppen tagit kontrollen över staden beordrade man kristna invånare i Mosul att konvertera till islam, betala skatt eller att dö. Ultimatumet har fått de kristna att fly sina hem i staden.
FN:s säkerhetsråd fördömde i tisdags förföljelsen av de kristna i staden.
Fler än 600.000 människor beräknas vara på flykt i området.