Det är fortfarande oklart hur många som ska ha dödats i attacken.
Hamas, som beskrivit händelsen som en ”fruktansvärd massaker”, uppgav inledningsvis att 27 personer dött, men sa senare att minst 40 personer, varav flera barn, dödats.
FN-organet Unrwa uppger för till SVT Nyheter att antalet dödsoffer skulle kunna uppgå till 45 personer, siffror som de själva inte kunnat verifiera.
”FN-anläggningar måste alltid skyddas”, skriver talespersonen Inas Hamdan i ett mejl.
Ett vittne säger till AP att han bar ut fem döda personer från huset.
– Det var mörkt, utan elektricitet, och vi hade svårt att få ut offren, säger han.
”Säkra på våra underrättelser”
Israels militär, IDF, har sagt att omkring 30 terrorister befann sig i lokalerna och att de inte har några uppgifter om några civila offer.
De medger samtidigt att civila tagit skydd i anslutning till byggnaden, men hävdar att Hamas verksamhet bedrevs i tre separata klassrum, skriver Times of Israel.
– Vi är mycket säkra på våra underrättelser, säger Peter Lerner, talesperson för militären, vid en pressträff, enligt Reuters.
Han anklagade samtidigt Hamas för att använda sig av FN:s lokaler för militära ändamål, men kunde inte svara på hur många av terroristerna som dödats.
IDF har inte presenterat några belägg för påståendena.
Josep Borrell: Kräver oberoende utredning
EU: s utrikespolitiska chef Josep Borrell skriver på X att nyheterna från Gaza är ”förfärande” och att han kräver en oberoende utredning i linje med den internationella domstolen i Haags (ICJ) senaste order.
På X skriver Unrwas chef Philippe Lazzarini att attacken kom ”utan förvarning” och att ”skolan gav skydd åt 6 000 fördrivna människor när den träffades”.