Tidningen Sankei uppger att beslutet fattats på ett regeringsmöte på tisdagen, då regeringens mål är att återuppta den kommersiella jakten, vilket IWC inte tillåter.
Samtidigt upphör Japan med att jaga val i antarktiska vatten och på övriga södra halvklotet.
Nya Zeelands utrikesminister Winston Peters välkomnar beslutet att sluta jaga val på södra halvklotet, men är besviken över beslutet att Japan återupptar den kommersiella valjakten, som ministern kallar ”föråldrad och onödig”.
”Vi fortsätter att hoppas att Japan så småningom omprövar sin inställning och stoppar all valjakt, för att utöka skyddet av havens ekosystem”, säger han i ett uttalande.
Australien uppmanar Japan att inte lämna IWC.
”Australiens regering är extremt besviken. Australien fortsätter att vara en resolut motståndare till all form av kommersiell och så kallad 'vetenskaplig' valjakt”, kommenterar miljöminister Melissa Price.
Beslutet att dra sig ur IWC var väntat, eftersom IWC i september sade nej till Japans begäran om att återuppta kommersiell valjakt.
Valjakt har varit historiskt viktig i Japan, inte minst efter andra världskriget då köttet var en viktig proteinkälla för det krigshärjade landet. Men nu för tiden äter de flesta japaner sällan eller aldrig valkött.