Christoph Heusgen, som tog över topprollen 2022, kommer att avgå som ordförande, medan den tidigare långvariga ordföranden Wolfgang Ischinger kommer att förbli ordförande för Foundation Council of the Munich Security Conference Foundation.
Stoltenberg har varit generalsekreterare för Nato sedan 2014. Han kommer att ersättas av den tidigare nederländske premiärministern Mark Rutte den 1 oktober.