Planet ska ha fått slut på bränsle och därefter kraschat in i ett bergsområde nära den colombianska staden Medellin.
Planet, tillhörigt Lamia Bolivia, skulle flyga fotbollslaget till Medellín i Colombia för att spela final i turneringen Copa Sudamericana.
– LaMia (flygbolaget) och piloten är ytterst ansvariga för att den här tragiska händelsen inträffade, sade Milton Claros, en boliviansk minister som ansvarar för landets flygmyndigheter, under tisdagen.
Både VD:n och hans son misstänkta
Bolagets vd är frihetsberövad i väntan på rättegång denna månad. Han står åtalad för dråp och andra åtalspunkter, men nekar till brott. Enligt Reuters är även VD:ns son frihetsberövad. Sonen, som tidigare varit tjänsteman vid Bolivias luftfartsmyndighet, misstänks ha missbrukat sin ställning genom att godkänna licensen för planet som kraschade. Även han nekar till brott.
Åtal har även väckts mot en av bolagets delägare som är försvunnen och mot en flygledare som ska ha flytt Bolivia efter kraschen och sökt Asyl i Brasilie, rapporterar Reuters.