Han döms för att ha brutit mot reglerna för ett villkorligt straff från 2014.
Enligt rätten var Navalnyj skyldig att träffa sin övervakare två gånger i månaden – efter att han skrivits ut från sjukhuset i Berlin där han vårdades efter att ha förgiftats med nervgiftet novitjock.
Navalnyj själv protesterade mot anklagelserna i rättsalen under dagen.
– Koma! Jag låg i koma! svarade han på en fråga från fängelsemyndigheten om varför han inte infann sig personligen i Moskva på utsatt tid, enligt Dagens Nyheters utsända reporter på plats.
Drar av tid för husarrest
I praktiken blir straffet två år och åtta månader i fängelse. Åklagaren var villig att dra av 10 månader för en period då Navalnyj satt i husarrest.
Den ursprungliga domen, som är från 2014, handlar om att Aleksej Navalnyj och hans bror Oleg ska ha förskingrat pengar från företaget Yves Rocher. Detta genom att utföra leveranser åt företaget genom ett kurirföretag som tog ut högre avgifter än vad det ryska postverket gjorde.
Kosmetikaföretaget själva har uppgett att de inte hade några klagomål på brödernas verksamhet.
”Syftet är att skrämmas”
Navalnyj och hans anhängare anser att åtalet, som väckt protester i hela landet, är politiskt motiverat.
– Syftet med den här rättegången är att skrämma folket. De fängslar en man för att skrämma miljoner, sa Aleksej Navalnyj under rättegången, då han också anklagade Putin för att ha beordrat giftattacken mot honom i fjol.
– Putin är dödligt sårad eftersom han nu aldrig kommer att gå till historien som en stor geopolitiker. I ryska historien har vi Alexander befriaren och Jaroslav den vise. Nu har vi Vladimir kalsongförgiftaren, fortsatte Navalnyj.
CNN: Navalnyj fick novitjok i kalsongerna
På tisdagsmorgonen samlades flera demonstranter utanför domstolen i Moskva där rättegången pågår. Enligt organisationen OVD-info har 354 personer gripits i samband med protesterna. Efter domen uppmanade Navalnyjs team till fortsatta protester.
Beslut under eftermiddagen
Ryska UD har under dagen gått till storms mot de utländska diplomater som närvarade vid domstolen och anklagar dem för att blanda sig i Rysslands interna angelägenheter.
Aleksej Tjesnakov, politisk rådgivare som arbetar nära Kreml, har tidigare sagt att Navalnyjs fängelsetraff är oundvikligt.
– Frågan är inte om de kommer att ge honom det (ett fängelsestraff reds. anm) eller inte. Det kommer de, och det kommer att ske i dag. Frågan är hur långt straffet blir. Och sen kommer det att bli längre, sa Tjesnakov i ett telegram.