Finland kommer och kan i det läget inte dra ut på eller stoppa ansökningsprocessen, sa presidenten.
– Vi vill inte och kan inte ta tillbaka vår ansökan. Vi har genom den uttryckt vår vilja att bli en Natomedlem och kan inte bara backa, säger Niinistö enligt Svenska Yle.
Han betonar dock att Finland och Sverige är fortsatt eniga om att försöka bli medlemmar i försvarsalliansen tillsammans.
Turkiet och Ungern är de två medlemsländer som ännu inte ratificerat medlemskapet.
Röstar om Nato-lag i februari
I dag meddelade även ordföranden i den finländska riksdagens utrikesutskott, Jussi Halla-aho, att den finska riksdagen ska rösta om den lagstiftning som behövs för att ta steget in i Nato redan den 28 februari.
Tidigare var planen att göra allt efter det finländska riksdagsvalet i april, men det bedöms finnas vissa risker med det och planen ändrades.
Ska diskuteras mellan USA och Turkiet
Sverige och Finlands Nato-ansökningar ska också diskuteras när Turkiets utrikesminister Mevlüt Cavusoglu och USA:s utrikesminister Antony Blinken möts nästa vecka, meddelade man i går.
Mevlüt Cavusoglu var dock tydlig med att Turkiet kan komma att behandla Finlands och Sveriges Nato-ansökningar som två separata ansökningar.
– Det här har vi diskuterat med de två länderna och Nato. Det betyder att Finlands Natomedlemskapsprocess kan komma att utvärderas separat från Sveriges, sa Cavosoglu då.
I helgen kommer också USA:s vicepresident Kamala Harris att träffa den svenska statsministern Ulf Kristersson och Finlands statsminister Sanna Marin för att diskutera Nato-processen. Mötet kommer att ske under den stora, årliga säkerhetskonferensen i München som pågår den 17 till 19 februari