Robottestet är det första sedan början av juni, då Nordkorea avlossade åtta kortdistansrobotar på en dag.
Det nya testet sammanfaller med uppladdningen för en militärövning som USA och Sydkorea planerar att hålla i nästa vecka. Det atomkraftsdrivna hangarfartyget Ronald Reagan har redan anlänt till Sydkorea inför övningen. Under veckan ska också USA:s vicepresident Kamala Harris besöka Sydkoreas huvudstad Seoul.
Enligt Japans försvarsdepartement landade roboten utanför Japans ekonomiska zon utan att orsaka några störningar för flyg- eller sjötrafiken.
Sydkoreas militär uppger enligt Reuters att det rörde sig om en kortdistansrobot som flög omkring 60 mil på omkring 60 000 meters höjd.
Den sydkoreanska generalstabenkallar testet ”en allvarlig provokation”.