Kinesiska myndigheter verkade på onsdagen också mer aktiva i sina försök att återskapa lugn.
Utanför Japans ambassad i Peking, där aggressiva protester hållits, var det tomt på demonstranter. Polis var utplacerad runt ambassaden och ska ha uppmanat folk att hålla sig borta från området. Vägar i närheten öppnades för trafik igen.
Förutom mindre protester utanför det japanska konsulatet i Shanghai fanns det inga rapporter om demonstrationer i Kina.
En talesperson för handelsdepartementet uppmanade japanska företag i Kina att anmäla eventuella attacker till ”relevanta myndigheter”.
Kontroversen är dock inte över än.
Xi Jingping, som väntas bli Kinas nästa president, kritiserade Japans beslut att köpa de omstridda öarna.
-Japan borde tygla sitt beteende och sluta med ord och handlingar som underminerar Kinas överhöghet och territoriala integritet, sade Xi vid ett möte med USA:s försvarsminister Leon Panetta.
Vid själva öarna, som heter Senkaku i Japan och Diaoyu i Kina, övervakade Japan fortfarande 14 kinesiska fartygs närvaro.