Ett stort område i centrala München spärrades av och flera polisenheter befann sig i området kring Karolinenplatz på torsdagsförmiddagen.
– Vid niotiden på morgonen fick polisen kännedom om en person i området kring Karolinenplatz och Brienner Strasse som sågs bära omkring på ett långt vapen, säger Münchenpolisens presstalesperson Andreas Franken.
Personen i fråga sköt flera skott mot polisen. Polisen sköt då tillbaka mot mannen, som skadades och senare avled.
Den misstänkta är en 18-årig man från Österrike, bekräftar lokal polis enligt Reuters.
Ingen annan person har kommit till skada. Det finns inte heller några andra misstänkta i nuläget, enligt polisen. Vid lunchtid meddelade polisen att det inte längre fanns någon fara för allmänheten.
Skottsalvor i video
Tidigare rapporterade tidningen Süddeutsche Zeitung att skotten avlossats utanför det israeliska generalkonsulatet, som ligger i närheten av NS-Dokumentationszentrum. Det är ett museum med utställningar som dokumenterar nazisternas brott och hur nazistpartiet opererade i München.
– På en video som filmats från ett fönster som vetter mot kvarteret där både museet och israeliska konsulatet ligger hörs skott avlossas i två omgångar med en liten paus emellan, ungefär 12-14 skott i varje salva, säger SVT:s Europakorrespondent Christoffer Wendick.
Årsdag för OS-terror
Ministern för förbundslandet säger att attacken sannolikt var planerad mot det israeliska konsulatet. Han säger också att det kan finnas ett möjligt samband till årsdagen av terrorattentatet under OS i München 1972 då palestinska terrorister sköt ihjäl 11 israeliska deltagare, men att inget motiv har fastställts.
Enligt tidningen Bild befann sig de flesta som jobbar på konsulatet inte på plats på kontoret under torsdagen, med anledning av årsdagen.
Enligt nyhetsbyrån AP kommer händelsen att utredas som ett terrorbrott.