Pojken testades positivt i förra veckan. Han avled i måndags på sjukhus i Paynesville i närheten av huvudstaden Monrovia, där hans far och bror får behandling för virussjukdomen.
Omkring 150 människor som varit i kontakt med pojken står under övervakning, plus 25 personer inom sjukvården.
Förklarats ebolafritt
I år har Liberia två gånger förklarats fritt från ebola, först i maj och sedan i september.
Ebolaepidemin har sedan utbrottet i mars 2014 sammantaget krävt 11.300 dödsoffer i de tre svårast drabbade länderna; Liberia, Guinea och Sierra Leone.