De tre tonåringarna är 19, 16 och 15 år gamla. Inför maltesisk domstol förnekade de anklagelserna och sade de sig vara oskyldiga.
Skulle de dömas för det de anklagas för, kan straffet bli mellan sju till 30 år i fängelse, skriver AP.
”De var desperata”
Fraktfartyget var på väg från Turkiet till Libyen. Väl på Medelhavet blev kaptenen ombedd av ett militärflyg att rädda ett hundratal migranter som fanns på en båt i närheten och var i behov av hjälp, skriver Al Jazeera.
Över 100 personer räddades och klev ombord på fartyget, som sedan fortsatte längs sin ursprungliga kurs.
När de nya passagerarna insåg att de var på väg till Libyen, det land de nyss flytt från, bröt panik ut.
– De var desperata och ville absolut inte tillbaka, berättade kapten Nader el-Hiblu för AP tidigare i veckan.
Rättegång väntas
Enligt kaptenen attackerades cockpiten och en grupp migranter lyckades med hot få besättningen att vända kurs norrut, mot Europa.
De hindrades slutligen av maltesiska specialstyrkor innan fartyget hann fram, skriver BBC. Och nu hålls de tre huvudmisstänkta i förvar i väntan på rättegång.