Flodvågor nådde kusten vid sydvästra Miyazaki prefektur på torsdagseftermiddagen, runt 10-tiden svensk tid. Inledningsvis registrerades vågor på 20 centimeter, enligt tv-bolaget NHK WORLD-JAPAN. Det finns inga omedelbara tecken på skador, rapporterar nyhetsbyrån Reuters.
Vågorna följde på en jordbävning i Stilla havet med epicentrum strax öster om den sydliga ön Kyushu, enligt landets meteorologiska institut.
Myndigheterna utfärdade en varning till invånarna på öarna Kyushu och Shikoku om vågor på en meters höjd.
Skalvet uppgraderades tidigt från 6,9 till 7,1 på richterskalan. Dess intensitet har uppmätts till 6 på den japanska seismiska skalan från 0 till 7, rapporterar NHK WORLD-JAPAN.
Tsunamin kategoriserades inledningsvis som gul av Japans meteorologiska institut kategoriserades, snäppet under röd, vilket innebär en officiell tsunamivarning.
Alla som befinner sig i området har uppmanats att söka sig till högre höjd.