Studien som lades fram på tisdagen sträcker sig från 1950 och ger en inblick i de sexuella övergrepp och trakasserier som pågått i årtionden.
De två historikerna bakom rapporten från Zürich universitet avslöjar att de flesta övergreppen inte har rapporterats. Därtill har dokument förstörts för att röja information.
Enligt forskarna har ”kyrkoledare ignorerat, dolt eller förminskat de flesta fall av sexuella övergrepp som analyserats fram till 2000-talet”.
– Det är utan tvekan bara toppen av isberget, säger professor Marietta Meier i ett uttalande.
Flest av manligt kön bland offren
Vidare framgår att mer än hälften av offren, 56 procent, var pojkar eller män medan 39 procent var flickor eller kvinnor, övriga fem procent har inte identifierats med kön.
74 procent av offren var barn.
– Det här har sysselsatt oss under en lång tid och vi är bedrövade och skäms över detta, sade Renata Asal-Steger, ordförande för Schweiz romersk-katolska centralkonferens i ett uttalande.
Se intervjun med Olivier Savignac, som blev utsatt som 13-åring av en präst inom katolska kyrkan.