Hussein bygger sitt antagande på att flickorna kan ha varit bland de kvinnor som mördats av Boko Haram under terrorgruppen reträtt från staden Bama och andra städer i Bornoregionen.
Det har tidigare rapporterats om att medlemmar Boko Haram dödat sina fruar för att de inte ska kunna gifta om sig med andra män.
Enligt Hussein ska ett antal rapporter den senaste tiden kommit in till UNHCR om massgravar och andra tecken på mord av Boko Haram.
276 flickor kidnappades av Boko Haram natten mellan 14 och 15 april förra året från sin skola i staden Chibok i nordöstra Nigeria. 219 av dessa tros fortfarande vara i Boko Harams våld. Och det är alltså dessa som Raad Zeid al Hussein vid UNHCR nu tror är döda.
Kidnappningen av flickorna från Chibok fick uppmärksamhet över hela världen genom Twitterkampanjen #BringBackOurGirls.